Родилась 30 марта 1957 года. В 1974 году окончила среднюю школу. Училась в Московском высшем техническом училище имени Николая Баумана. С мая 1980 года работала инженером в научно-производственном объединении "Энергия". В 1985 году начала тренироваться и изучать корабль "Союз ТМ". В 1989 году Елену Владимировну Кондакову включили в отряд космонавтов СССР. Свой первый космический полёт совершила 4 октября 1994 года в составе экспедиции "Союз ТМ-20", после чего провела 5 месяцев на орбитальной станции "Мир". 10 апреля 1995 года награждена званием Герой Российской Федерации. 15 мая 1997 года Елена Владимировна Кондакова совершила свой 2-й полёт в космос на американском корабле "Атлантис" в качестве специалиста экспедиции STS-84 к орбитальной станции "Мир".